Церковь Богоявления (1693 г.) строилась и расписывалась по заказу и на средства купца Алексея Зубчанинова. Точная дата росписи неизвестна, храмовая летопись не сохранилась, но известно, что освящение церкви производилось при завершенной росписи. Таким образом, принято считать, что художественные работы выполнялись в 1692-1693 гг. Сведения о мастерах, расписывавших церковь Богоявления, не сохранились. По ряду аналогий, по отбору сюжетов, особенностям иконографии и стилистики живописи, а также по колориту можно предположить, что в росписи церкви Богоявления принимали участие ярославские мастера под руководством знаменщиков Дмитрия Григорьева Плеханова и Федора Игнатьева. Кроме того, ряд исследователей отмечает наличие двух художественных манер или двух артелей, работавших в храме. Ими отмечено, что живопись сводов и верхнего яруса росписей стен более профессиональна и свободна, в связи с чем В.Г.Брюсова (много работавшая на памятнике в 1950-ые годы) предположила, что эту роспись исполнял Гурий Никитин, один из величайших художников XVII века и что эти росписи были его последней работой. В любом случае, расписывала этот храм одна живописная артель или две, состав их и распределение работ были традиционны. Возглавляли артель мастера знаменщики, которые определяли систему росписей, наносили рисунок и исполняли главные композиции Остальные мастера и подмастерья расписывали стены и своды храма по готовому рисунку - графье. Среди них были мастера палатного письма, т.е. писавшие архитектуру, травщики, изображавшие всевозможную растительность, уставщики, которые исполняли надписи. Мастера - личники писали лики (лица) персонажей росписей , а доличники - облачения и одежды. При этом лики писались в последнюю очередь. Подготовительные работы тоже проводились членами артели, они готовили грунт - левкас и краски.
Программа росписей церкви Богоявления единственная в своем роде, поэтому храм занимает особое место среди ярославских памятников XVII века. Если определить идейное содержание росписей одной фразой, то это будет торжество Новозаветной церкви. Во всех росписях центрального храма нет ни одного Ветхозаветного сюжета - случай уникальный.
Росписи Богоявленского храма посвящены евангельским событиям, при этом хронологический принцип соблюдается далеко не всегда и отбор сюжетов носит принципиальный характер. Отсутствуют такие важнейшие с богословской точки зрения события как Благовещение, Рождество Христово, Сретение, Преображение, тема Страшного Суда и вообще весь цикл повествования начинается собственно со сцены Богоявления. И далее среди множества сюжетов, покрывающих стены и своды храма преобладают сцены чудесных исцелений и воскрешений, проповедей Иисуса Христа, его споров с фарисеями, иллюстрации притч, т.е. раскрывается не столько жизнеописание Христа, сколько содержание его учения, смысл новозаветной апостольской церкви. Кроме христологического цикла, в росписях присутствует и традиционный цикл деяний апостолов, который также укладывается в рамки программы росписей и поддерживает главную тему Богоявленского храма.
Система росписей церкви Богоявления ломает сложившуюся в Ярославле к концу XVII века традицию, что определено его конструкцией: церковь Богоявления - первый в Ярославле бесстолпный летний храм с сомкнутым четырехчастным сводом.
Литературным источником живописи церкви Богоявления является Новый Завет - четыре канонических Евангелия и Деяния апостолов. Если говорить об изобразительных источниках этих стенописей, то необходимо отметить, что они тесно связаны с иконописной традицией, с иконописными подлинниками. Именно они, а также уже существующие к концу XVII века росписи ярославских храмов, были главными образцами для художников. Распространенные во второй половине XVII века польские и немецкие гравюры и т.н. "Библия Пискатора" (сборник гравюр с картин западноевропейских мастеров на библейские темы голландского художника Николая Яна Фишера) используются в росписях церкви Богоявления очень немного. В основном это заимствование отдельных деталей.
Иконография основных композиций в целом традиционна. Это вызвано строгостью темы, не допускающей особенных новаций и отклонений. Характерная особенность, о которой можно здесь сказать - это композиция Новозаветной Троицы на восточном своде. Изображение тройственной сущности Бога в виде ипостасей Бога-Отца, Бога-Сына и Бога-Святого духа бытовала и ранее в росписях ярославских храмов (церковь Ильи Пророка), но в другой иконографии.
Росписи церкви Богоявления характеризуются основными чертами ярославской школы живописи, которые затем ярко проявятся в живописи более поздних храмов (например, церкви Иоанна Предтечи в Толчкове) - это повествовательность, декоративность, орнаментальность, связь с литературой. Вместе с тем этой живописи в полной мере присущ и монументализм, особенно композициям на сводах, хотя и в них уже присутствует характерное для XVII века стремление к усложнению сюжетов. Особенно это наглядно в сцене Воскресения Христова (на южном своде), которое в древнерусской живописи до конца XVI века изображалось только в виде Сошествия во ад, а в церкви Богоявления дается сразу два извода. Кроме того, здесь же изображается явление Христа апостолам на Тивериадском море и благоразумный разбойник в Горнем Иерусалиме. Иконографических заимствований у станковой живописи много, особенно в праздничных сюжетах. Так, Вход Господень в Иерусалим (шестой ярус, северная стена) явно скопирован с аналогичной иконы, даже с характерной надписью.
Строгость и аскетичность изображений постепенно начинают уходить из живописи XVII века. Со стен храмов исчезают фигуры, исполненные внутренней духовности. Это присуще и живописи церкви Богоявления.
Строгость темы росписей церкви Богоявления ограничивала воображение художников, но до известного предела. Не имея возможности ввести в росписи дополнительные неканонические композиции, они пошли по пути усложнения традиционных и повышения их декоративности. Каждую сцену авторы помещают в богато украшенный интерьер, насыщая его подробностями и бытовыми деталями, часто заимствуя их из окружающей действительности.
Более разнообразным и реалистичным становится пейзаж. Наряду с условными горками и растительностью в виде пальмовых листьев появляются деревья, цветы. Интересно написано хлебное поле в сцене "Апостолы в хлебах", иллюстрирующей спор Христа с фарисеями о субботе (четвертый ярус, западная стена). Эта фреска интересна и своеобразной перспективой - движение апостолов на заднем плане строится по диагонали. Это один из приемов древнерусских художников передать глубину пространства, не разбивая плоскость стены.
Говорить о первоначальном колорите фресок затруднительно из-за их плохой сохранности. Преобладают три основных цвета - золотистая охра, нежно-голубой и более интенсивный синий и красные оттенки. Среди красных тонов доминирует красно-коричневая черлень, киноварь практически не используется. Много зеленой краски, часто сильно разбеленной. Очень выразительны яркие пятна чистого белого цвета - скатерти на столах, паруса кораблей, белые котомки апостолов, головные уборы фарисеев. Умелое сочетание цвета в композиции создает общий нарядный колорит без пестроты и назойливости. Стенописи церкви Богоявления явились своеобразной "генеральной репетицией" перед созданием самых значительных росписей 90-х гг. XVII века - росписей церкви Иоанна Предтечи в Толчковской слободе.
